En 1994 de acuerdo a las necesidades del país, el Colegio adopta el esquema de Educación Basada en Normas de Competencia (EBNC), iniciando la reforma de su modelo educativo en congruencia con dicho enfoque.

En el año de 1998, con base en su experiencia en el desarrollo de programas de capacitación bajo el esquema de EBNC, emprende un proyecto para la acreditación de planteles como Centros de Evaluación de Competencias Laborales con propósito de impulsar la evaluación de competencias adquiridas a lo largo de la vida, con el referente en Normas Técnicas de Competencia Laboral (NTCL).

A partir del 2003, se implementó una nueva Reforma Académica, consolidando la metodología de la Educación y Capacitación Basada en Competencias Contextualizadas (ECBCC). en el que las competencias laborales y profesionales se complementan con competencias básicas y competencias clave que refuerzan la formación tecnológica y fortalecen la formación científica y humanística de los educandos.

En el año 2008, se reorienta el Modelo Educativo, cuyo soporte se fundamenta en la metodología de enseñanza por competencias, la cual está encaminada al desarrollo de las competencias genéricas, disciplinares y profesionales que se promueven en el marco de la Reforma Integral de la Educación Media Superior, RIEMS.

De 2013 a la fecha, el CONALEP es la única Institución de Educación Media Superior que forma parte de Universia Santander, una iniciativa única en el mundo, constituida por 1.404 universidades de 23 países que entre otras muchas cosas apoya la innovación y el emprendimiento en las y los estudiantes.

De igual forma, CONALEP es miembro desde 2013 de la Corporación Universitaria para el Desarrollo de Internet (CUDI) lo que permite a nuestros docentes y estudiantes acceder a bases de datos de bibliotecas especializadas situadas en América del Norte, Europa y resto del mundo a través del Internet2.

En el año 2014, el CONALEP recibió la certificación por parte del Instituto Nacional de Transparencia, Acceso a la Información y Protección de Datos Personales (INAI) como “Institución 100% capacitada en Transparencia”, al lograr que todo su personal de estructura se formara en el curso de inducción a la Ley Federal de Transparencia y Acceso a la Información Pública Gubernamental.

Al cierre de 2015, la institución alcanzó un total de 229 planteles en el Sistema Nacional de Bachillerato (SNB), lo que significa que el 80.6% de su matrícula nacional (246,064 alumnos) estudia en centros educativos que operan bajo los procesos, objetivos y principios de la Reforma Integral de la Educación Media Superior (RIEMS) y satisfacen los demás requisitos que establece el Acuerdo 480 de la SEP.

En la búsqueda de mayor eficiencia administrativa, el Colegio logró extender la vigencia de su Sistema de Gestión de la Calidad hasta el 2018, mismo que hoy en día cuenta con la Certificación bajo la norma ISO 9001:2008 de sus Oficinas Nacionales, 26 Colegios Estatales, 200 planteles y 5 Centros de Asistencia y Servicios Tecnológicos.

Actualmente, el CONALEP es una Institución federalizada, constituida por una unidad central que norma y coordina al sistema; 30 Colegios Estatales; una Unidad de Operación Desconcentrada para el Distrito Federal y la Representación del CONALEP en el estado de Oaxaca. Esta conformación hace posible la operación de los servicios en 308 planteles, los cuales se encuentran en las principales ciudades y zonas industriales del país, ocho Centros de Asistencia y Servicios Tecnológicos (CAST) y un Centro Aeroespacial de Desarrollo Técnico Especializado (CADTE).